Wybuch wojny
Mistrz Jedi Obi-Wan Kenobi na planecie Kamino odnalazł armię klonów, która jak ze zdumieniem odkrył, została stworzona dla Republiki. Dawcą materiału genetycznego dla klonów był łowca nagród Jango Fett. Kenobi przekazał informację o tym do Rady Jedi. Następnie stoczył pojedynek z Fettem, którego później śledził.
Mistrz Kenobi podążając za łowcą nagród dotarł na planetę Geonosis, na której zebrali się przedstawiciele Konfederacji Niezależnych Systemów pod wodzą hrabiego Dooku. Kenobi został pojmany. Spotkało to również Anakina Skywalkera oraz senator Padme Amidalę, którzy ruszyli mu na ratunek. Troje więźniów miało zostać straconych na arenie Geonosis, jednak uratowali ich rycerze Jedi, którzy przybyli na planetę pod wodzą mistrza Jedi Mace'a Windu. Dwie setki Jedi odpierały ataki znacznie liczniejszej armii droidów, jednak wkróce zostali oni zdziesiątkowani, a przed całkowitą zagładą ocaliła ich armia klonów, którą sprowadził z Kamino mistrz Yoda. Zwycięski szturm klonów na arenę był zaledwie początkiem Bitwy o Geonosis. Armia Republiki szybko zdobyła przewagę nad armią separatystów; gdy ta zaczęła się wycofywać, hrabia Dooku zabrał plany Gwiazdy Śmierci i również zdołał zbiec, pokonawszy wcześniej w pojedynku na miecze świetlne Skywalkera oraz Kenobiego. Nie zdołał go powstrzymać nawet mistrz Yoda. Geonosis zostało zdobyte przez Republikę.
Krótko po tym, jak Kanclerz Palpatine otrzymał od senatu specjalne uprawnienia, powołano Wielką Armię Republiki. Rozpoczęły się wojny klonów.
Anakin Skywalker poślubił w sekrecie senator Padme Amidalę na Naboo.
Dwaj mistrzowie Jedi Sora Bulq i Tholme wytropili Dooku na Bakurze. Ten jednak pokonał ich w pojedynku i uprowadził Bulqa, po czym zdołał przeciągnąć go na ciemną stronę Mocy.
Armia Konfederacji zajęła bogatą w złoża planetę Excargę.
W siedem dni po bitwie o Geonosis Jedi Aayla Secura oraz Ylenic It'kla zostali wysłani z misją na Korelię. Ich zadaniem było odnalezienie naukowca z Unii Technokratycznej, Ratri Tanego, który w zamian za ochronę rodziny chciał ujawnić istotne informacje Republice. Ich misja powiodła się, a Tane okazał się być koreliańskim Jedi Nejaą Halcyonem.
1 miesiąc wojny
Wojska separatystów zajęły planetę Rhen Var, na której znajdował się grobowiec Jedi Ulica Qel-Dromy. Dooku poszukiwał tam informacji o Mrocznym Kosiarzu i Żniwiarzu Mocy. Natomiast Republika odbiła Excargę podczas drugiej bitwy o tę planetę.
Sev’rance Tann, będąca generałem w szeregach Konfederacji, dowiedziała się od Hutta Borki o powstawaniu nowej broni Republiki - Dziesiątkujących - znajdującej się na planecie Eredenn. Separatyści zaatakowali planetę i wykradli pojazdy. Następnym ruchem generał Tann było zaatakowanie Alaris Prime, gdzie podczas Pierwszej Bitwy o Alaris Prime zdobyła kody aktywujące do Dziesiątkujących i tym samym przejęła nad nimi kontrolę.
Na planecie Raxus Prime, będącej siedzibą Hrabiego Dooku i miejscem narodzin Konfederacji Niezależnych Systemów, przetrzymywany był Boba Fett, który został pochwycony przez Aurrę Sing. Planeta została zaatakowana przez odziały Republiki i Bitwa o Raxus Prime zakończyła się jej zwycięstwem, jednak Dooku zdołał uciec wraz ze odnalezionym na planecie Żniwiarzem Mocy będącym źródłem mocy dla Mrocznego Kosiarza. Atak umożliwił również ucieczkę Bobie, który trafił do sierocińca na Bespinie.
W międzyczasie rozegrała się pierwsza bitwa o Mirgoshir, wygrana przez Konfederację. Anakin Skywalker, który został pojmany przez hrabiego Dooku, trafił wraz z nim na podbitą przez separatystów planetę Alaris Prime. Dooku chciał tam przetestować Żniwiarza Mocy. Jednak Anakin zdołał uciec i z pomocą oswobodzonych Wookieech wezwał posiłki i powstrzymał separatystów, nim na planetę przybył Kenobi z klonami. Armia Konfederacji została pokonana podczas Drugiej Bitwy o Alaris Prime. Hrabia Dooku zdołał jednak przetestować Żniwiarza na mieszkańcach Alaris Prime, a następnie również na Mon Calamari, Agamarze i Bakurze.
Mistrz Jedi Quinlan Vos na długo przed wybuchem wojen zszedł do podziemia i starał się zinfiltrować środowisko Konfederacji. Gdy Jedi przez dłuższy czas nie mieli od niego żadnych wieści wysłali byłą uczennicę Vosa, Aaylę Securę by go odnalazła. Odszukała go na stacji kosmicznej Koło. Tam udało się im zdobyć informację o planowanym przez separatystów ataku na Kamino. Przekazali ją Republice nie wiedząc, że jest to celowe działanie Sithów.
Równocześnie odbyła się bitwa o Bespin, podczas której mistrz Jedi Glynn-Beti musiał opierać się przeważającym liczebnie (pięćdziesiąt do jednego) siłom separatystów. Nie zdołał jednak obronić planety i został zmuszony do ucieczki wraz z resztkami swoich sił. Bespin został zdobyty przez Konfederację.
Podczas gdy separatyści podbili Mirgoshir oraz Bespin, Republika odbiła Rhen Var, gdzie Anakin od ducha Ulica Quel-Dromy dowiedział się, w jaki sposób oprzeć się działaniu Mrocznego Kosiarza. W tym samym czasie gdy Republika zdobywała Rhen Var Konfederacja uderzyła na Ossus, który zdołała podbić, przegrała jednak mającą rozegrać się wkrótce potem bitwę o Sivvi Dzięki informacjom od Ulica Anakin zdołał zniszczyć Żniwiarza Mocy i Mrocznego Kosiarza podczas bitwy o planetę Thule. Gdy Republika zwyciężyła na Thule, część jej sił została skierowana do systemu Mirgoshir, gdzie podczas drugiej Bitwy o Mirgoshir armia klonów rozbiła siły separatystów.
Generał Sev'rane Tann użyła Dziesiątkujących podczas ataku na Sarapin, planetę która była potężnym źródłem energii dla Republiki. Jednak odziałom pod wodzą mistrza Jedi Echuu Shen-Jona udało się szybko odbić planetę. Następnie jego siły zniszczyły separatystów na Tatooine i Krant, gdzie mistrz Jedi przeszedł na ciemną stronę i pokonał generał Tann, mszcząc swego padawana. Przerażony siłą swojej nienawiści udał się na wygnanie, do końca wojny i jeszcze wiele lat później wiodąc żywot pustelnika.
Mistrz Jedi Obi-Wan Kenobi na planecie Kamino odnalazł armię klonów, która jak ze zdumieniem odkrył, została stworzona dla Republiki. Dawcą materiału genetycznego dla klonów był łowca nagród Jango Fett. Kenobi przekazał informację o tym do Rady Jedi. Następnie stoczył pojedynek z Fettem, którego później śledził.
Mistrz Kenobi podążając za łowcą nagród dotarł na planetę Geonosis, na której zebrali się przedstawiciele Konfederacji Niezależnych Systemów pod wodzą hrabiego Dooku. Kenobi został pojmany. Spotkało to również Anakina Skywalkera oraz senator Padme Amidalę, którzy ruszyli mu na ratunek. Troje więźniów miało zostać straconych na arenie Geonosis, jednak uratowali ich rycerze Jedi, którzy przybyli na planetę pod wodzą mistrza Jedi Mace'a Windu. Dwie setki Jedi odpierały ataki znacznie liczniejszej armii droidów, jednak wkróce zostali oni zdziesiątkowani, a przed całkowitą zagładą ocaliła ich armia klonów, którą sprowadził z Kamino mistrz Yoda. Zwycięski szturm klonów na arenę był zaledwie początkiem Bitwy o Geonosis. Armia Republiki szybko zdobyła przewagę nad armią separatystów; gdy ta zaczęła się wycofywać, hrabia Dooku zabrał plany Gwiazdy Śmierci i również zdołał zbiec, pokonawszy wcześniej w pojedynku na miecze świetlne Skywalkera oraz Kenobiego. Nie zdołał go powstrzymać nawet mistrz Yoda. Geonosis zostało zdobyte przez Republikę.
Krótko po tym, jak Kanclerz Palpatine otrzymał od senatu specjalne uprawnienia, powołano Wielką Armię Republiki. Rozpoczęły się wojny klonów.
Anakin Skywalker poślubił w sekrecie senator Padme Amidalę na Naboo.
Dwaj mistrzowie Jedi Sora Bulq i Tholme wytropili Dooku na Bakurze. Ten jednak pokonał ich w pojedynku i uprowadził Bulqa, po czym zdołał przeciągnąć go na ciemną stronę Mocy.
Armia Konfederacji zajęła bogatą w złoża planetę Excargę.
W siedem dni po bitwie o Geonosis Jedi Aayla Secura oraz Ylenic It'kla zostali wysłani z misją na Korelię. Ich zadaniem było odnalezienie naukowca z Unii Technokratycznej, Ratri Tanego, który w zamian za ochronę rodziny chciał ujawnić istotne informacje Republice. Ich misja powiodła się, a Tane okazał się być koreliańskim Jedi Nejaą Halcyonem.
1 miesiąc wojny
Wojska separatystów zajęły planetę Rhen Var, na której znajdował się grobowiec Jedi Ulica Qel-Dromy. Dooku poszukiwał tam informacji o Mrocznym Kosiarzu i Żniwiarzu Mocy. Natomiast Republika odbiła Excargę podczas drugiej bitwy o tę planetę.
Sev’rance Tann, będąca generałem w szeregach Konfederacji, dowiedziała się od Hutta Borki o powstawaniu nowej broni Republiki - Dziesiątkujących - znajdującej się na planecie Eredenn. Separatyści zaatakowali planetę i wykradli pojazdy. Następnym ruchem generał Tann było zaatakowanie Alaris Prime, gdzie podczas Pierwszej Bitwy o Alaris Prime zdobyła kody aktywujące do Dziesiątkujących i tym samym przejęła nad nimi kontrolę.
Na planecie Raxus Prime, będącej siedzibą Hrabiego Dooku i miejscem narodzin Konfederacji Niezależnych Systemów, przetrzymywany był Boba Fett, który został pochwycony przez Aurrę Sing. Planeta została zaatakowana przez odziały Republiki i Bitwa o Raxus Prime zakończyła się jej zwycięstwem, jednak Dooku zdołał uciec wraz ze odnalezionym na planecie Żniwiarzem Mocy będącym źródłem mocy dla Mrocznego Kosiarza. Atak umożliwił również ucieczkę Bobie, który trafił do sierocińca na Bespinie.
W międzyczasie rozegrała się pierwsza bitwa o Mirgoshir, wygrana przez Konfederację. Anakin Skywalker, który został pojmany przez hrabiego Dooku, trafił wraz z nim na podbitą przez separatystów planetę Alaris Prime. Dooku chciał tam przetestować Żniwiarza Mocy. Jednak Anakin zdołał uciec i z pomocą oswobodzonych Wookieech wezwał posiłki i powstrzymał separatystów, nim na planetę przybył Kenobi z klonami. Armia Konfederacji została pokonana podczas Drugiej Bitwy o Alaris Prime. Hrabia Dooku zdołał jednak przetestować Żniwiarza na mieszkańcach Alaris Prime, a następnie również na Mon Calamari, Agamarze i Bakurze.
Mistrz Jedi Quinlan Vos na długo przed wybuchem wojen zszedł do podziemia i starał się zinfiltrować środowisko Konfederacji. Gdy Jedi przez dłuższy czas nie mieli od niego żadnych wieści wysłali byłą uczennicę Vosa, Aaylę Securę by go odnalazła. Odszukała go na stacji kosmicznej Koło. Tam udało się im zdobyć informację o planowanym przez separatystów ataku na Kamino. Przekazali ją Republice nie wiedząc, że jest to celowe działanie Sithów.
Równocześnie odbyła się bitwa o Bespin, podczas której mistrz Jedi Glynn-Beti musiał opierać się przeważającym liczebnie (pięćdziesiąt do jednego) siłom separatystów. Nie zdołał jednak obronić planety i został zmuszony do ucieczki wraz z resztkami swoich sił. Bespin został zdobyty przez Konfederację.
Podczas gdy separatyści podbili Mirgoshir oraz Bespin, Republika odbiła Rhen Var, gdzie Anakin od ducha Ulica Quel-Dromy dowiedział się, w jaki sposób oprzeć się działaniu Mrocznego Kosiarza. W tym samym czasie gdy Republika zdobywała Rhen Var Konfederacja uderzyła na Ossus, który zdołała podbić, przegrała jednak mającą rozegrać się wkrótce potem bitwę o Sivvi Dzięki informacjom od Ulica Anakin zdołał zniszczyć Żniwiarza Mocy i Mrocznego Kosiarza podczas bitwy o planetę Thule. Gdy Republika zwyciężyła na Thule, część jej sił została skierowana do systemu Mirgoshir, gdzie podczas drugiej Bitwy o Mirgoshir armia klonów rozbiła siły separatystów.
Generał Sev'rane Tann użyła Dziesiątkujących podczas ataku na Sarapin, planetę która była potężnym źródłem energii dla Republiki. Jednak odziałom pod wodzą mistrza Jedi Echuu Shen-Jona udało się szybko odbić planetę. Następnie jego siły zniszczyły separatystów na Tatooine i Krant, gdzie mistrz Jedi przeszedł na ciemną stronę i pokonał generał Tann, mszcząc swego padawana. Przerażony siłą swojej nienawiści udał się na wygnanie, do końca wojny i jeszcze wiele lat później wiodąc żywot pustelnika.
