Klony mogą samodzielnie myśleć bo nie są droidami.
Szturmowcy to nie klony tylko żołnierze z naboru i nie są chyba też podstawową jednostką imperium tylko elitarną.

Tak, klony myślą samodzielnie i mogą samodzielnie podejmować decyzje.
Co do tego czy potrafią normalnie żyć to zależy co masz na myśli pisząc "żyć normalnie". Jeśli za normę uznasz pracę, płacenie podatków czy posiadanie rodziny to tak, klony potrafiły żyć normalnie z tym że aby klony mogły "normalnie" funkcjonować w społeczeństwie potrzebowały jakiś wzorców. W serii Komandosi Republiki jest świetnie pokazane jak klony "wychowywane" przez Skiratę, które często widziały jak wygląda życie poza koszarami radziły sobie w "normalnym" świecie, a klony które całe życie byli traktowani tylko i wyłącznie jako żołnierze podczas przyznanego im urlopu na Coruscant krążyły po mieście nie wiedząc co ze sobą zrobić.
Na początku istnienia Imperium szturmowcy to głównie klony, później do armii zaczęto rekrutować zwykłych ludzi. Nie tylko obniżyło to koszty, ale także przeciwdziałało buntom. Co do tego że szturmowcy to w pełni niezależne myślenie a klony tylko czasami myślą samodzielnie nie do końca bym się z tym zgodził. Po imperialnej indoktrynacji szturmowcy raczej nie byli bardziej kreatywni niż klony...

Klony były istotami ludzkimi i jedyną zmianą w kwestii mentalności była po prostu większa skłonność do działania w grupie i posłuszeństwo przełożonym - a i to nie u wszystkich, bo Komandosi i żołnierze ARC działali mniej lub bardziej samodzielnie.
Więc Klony mogły jak najbardziej myśleć samodzielnie, tyle że najczęściej myśleli za nie ich przywódcy.

Odnośnie drugiego pytania, szturmowcy (NIE: "szturmowce") byli zwykłymi ludźmi pobieranymi w zwykły sposób do wojsk Imperium w czasach po Wojnach Klonów. Szturmowcami były również Klony, ale na przestrzeni lat stanowiły one coraz mniejszą część Armii - głównie ze względu na to, że starzały się szybciej a także, że bodajże w 10 BBY zaprzestano ich produkcji. Poza tym proces przygotowania Klona do służbybył bodajże 100 razy droższy niż zwykłego człowieka - więc zwykli ludzie byli bardziej opłacalni.
A że byli zwykłymi ludźmi, potrafili myśleć samodzielnie.1

Na Ossusie pisze :

"Podczas gdy samo wzbogacenie się Republiki w armię klonów było dla przyszłego Imperatora zaskoczeniem, natychmiast postanowił on wykorzystać tkwiące w tym możliwości wynikające z uwarunkowania klonów do automatycznego wykonywania rozkazów zwierzchników"

Jak to ? : D Myślałem że Palpatine zlecił stworzenie armii na Kamino ;d