Po sukcesie testów z kamerami cyfrowymi w „Mrocznym widmie”, przy produkcji „Ataku klonów” zdecydowano, że film zostanie nakręcony w całości w tej technologii. Użyto nowej kamery HDW-F900, którą zbudowano Sony i Panavision. George Lucas natomiast znów wrócił jako reżyser, choć początkowo nie zamierzał. Nie chciał też samemu pisać scenariusza, więc pomagał mu w tym Jonathan Hales.
Zdjęcia rozpoczęły się 26 czerwca 2000, czyli dokładnie trzy lata po rozpoczęciu zdjęć do „Mrocznego widma”. Znów Ian McDiarmid był jednym z pierwszych aktorów, którzy pojawili się przed kamerą. Partnerowali mu David Bowers (Mas Amedda) i Sandi Finlay (Sly Moore). Kręcono scenę w której kanclerz na podium w senacie prowadzi dyskusję na temat stworzenia armii Republiki. Reakcje senatorów i inne sceny w senacie, także z Natalie Portman były kręcone później na większej scenie a następnie zmontowane. Dialogi Portman i senatorów były czytane przez osoby zajmujące się pilnowaniem zgodności ze scenariuszem. Podobnie jak w przypadku sceny z „Powrotu Jedi” z pierwszego dnia, tak i ta ostatecznie została wycięta z filmu.
Ponownie prace nad filmem przebiegały bardzo dobrze, bez większych problemów, nie licząc małego, acz szybko rozwiązanego problemu z zasilaniem nowych kamer. One sprawdziły się bardzo dobrze, George Lucas zaś chodził sobie po planie, rozmawiał i żartował z ekipą.
Po 13 latach Anthony Daniels znów został ubrany w kostium C-3PO. Ostatni raz nosił go w 1987 gdy nagrywano fragmenty „Star Tours”. W „Mrocznym widmie” nie musiał go nosić. Daniels jednak nie kręcił sceny tego dnia, jedynie testując kostium przywitał się z Lucasem.
„Atak klonów” to też pierwszy film kręcony nie w Wielkiej Brytanii, a w studiach Foxa w Australii. Do Wielkiej Brytanii wrócono tylko na czas dokrętek. O samej usuniętej scenie wspominaliśmy tutaj. Natomiast warto dodać, że „Atak klonów” był pierwszą dużą produkcją kręconą cyfrowo. Jednak zadebiutował jako drugi. Wyprzedził go francuski „Vidocq”, choć kręcony już po zdjęciach do II Epizodu, to do kin wszedł jeszcze w 2001.
